Le diocèse de Dédougou comprend également plusieurs institutions. Parmi elles, deux ont une gestion commune entre les diocèses de Dédougou et Nouna. Il s’agit du Petit séminaire Saint Paul de Tionkuy et du Centre de Formation des Catéchistes Animateurs Ruraux (CFCAR) de Tionkuy. Celles qui sont propres au diocèse de Dédougou sont les suivantes :
- Le CEDICOM
- Le Centre d’Accueil diocésain Mgr Jean LESSOURD/Benkagni
- Le centre spirituel Dii Alfred Diban de Moundasso
- Les ateliers de Tionkuy-Service Techniques (Momentanément fermé)
- Le lycée Catholique Privé Saint Gabriel de Dédougou géré par les frères de Saint Gabriel
- La colline de la rencontre Emmaüs
- Le Centre Marial de Toma
- Le Centre Guyèlè
- La ferme agricole de Karaba